Preciso sempre deste comando que acaba sendo uma mão na roda quando eu preciso de juntar mais de um pdf. 
Ou seja, tenho 4 ou 5 pdfs e preciso juntá-los em um só arquivos para enviar para alguém.

O comando é o pdftk , disponível como pacote no Fedora ( que eu uso ) e no Ubuntu .

No Fedora, para instalar é só usar o comando :

$ sudo yum install pdftk -y

Após a instalação, use o comando com a seguinte sintaxe, levando em conta que temos 3 pdfs ( 1.pdf, 2.pdf e 3.pdf ) e vamos juntar no saida.pdf : 

$ pdftk 1.pdf 2.pdf 3.pdf cat output saida.pdf 

Mão na roda quando precisar de juntar pdfs, e o melhor, sem sair da linha de comando.